Thông tư 99/2016/TT-BTC Hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

Ngày 29/06/2016 Bộ Tài chính ban hành Thông tư 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng. Bao gồm cả việc tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra, thanh tra hoàn thuế giá trị gia tăng; quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng. Mời các bạn cùng theo dõi nội dung chi tiết dưới đây:

Nội dung Thông tư 99/2016/TT-BTC – Hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT

BỘ TÀI CHÍNH ——–	CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự do – Hạnh phúc —————
Số: 99/2016/TT-BTC	Hà Nội, ngày 29 tháng 6 năm 2016

THÔNG TƯ
HƯỚNG DẪN VỀ QUẢN LÝ HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Căn cứ Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006; Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế ngày 20/11/2012; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế số 71/2014/QH13 ngày 26/11/2014 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Luật Ngân sách nhà nước số 83/2015/QH13 ngày 25/6/2015 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Nghị định số 215/2013/NĐ-CP ngày 23/12/2013 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;

Theo đề nghị của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế.

Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

Chương I

QUY ĐỊNH CHUNG

Điều 1. Phạm vi điều chỉnh

1. Thông tư này hướng dẫn về việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc cơ quan thuế quản lý theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước, Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành; bao gồm: việc tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra, thanh tra hoàn thuế giá trị gia tăng; quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

2. Hoàn thuế cho hàng hóa của người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang theo khi xuất cảnh thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính.

3. Hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm, nộp thừa thực hiện theo quy định tại Điều 47 Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11 và đã được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 13 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Điều 2. Đối tượng áp dụng

1. Người nộp thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng.

2. Cơ quan quản lý thuế gồm:

a) Tổng cục Thuế, Cục Thuế, Chi cục Thuế;

b) Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan, Chi cục Hải quan.

3. Vụ Ngân sách nhà nước – Bộ Tài chính.

4. Kho bạc nhà nước, Kho bạc nhà nước cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Kho bạc nhà nước cấp quận, huyện, thị xã, thành phố trực thuộc tỉnh.

5. Cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân khác liên quan đến việc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

Điều 3. Nguyên tắc quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Người nộp thuế thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng tự xác định số tiền thuế giá trị gia tăng đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

2. Việc giải quyết hoàn thuế được thực hiện theo đúng quy định của pháp luật, theo trình tự, thủ tục quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006 (sau đây gọi là Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11) và khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày 20/11/2012 sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế (sau đây gọi là Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13) và các văn bản hướng dẫn thi hành.

3. Áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro trong việc giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Khoản 2 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 (sau đây gọi là Luật số 106/2016/QH13) và các văn bản hướng dẫn thi hành.

4. Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử trong việc tiếp nhận, giải quyết, quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng và thực hiện kết nối, trao đổi thông tin với các cơ quan có liên quan trong việc giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế.

Điều 4. Kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng được bố trí trong dự toán ngân sách hàng năm do Quốc hội quyết định.

2. Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế quản lý kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng và điều hành chi hoàn thuế giá trị gia tăng trong phạm vi dự toán ngân sách đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

3. Cục trưởng Cục Thuế quản lý, sử dụng kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng để chi hoàn cho người nộp thuế theo thẩm quyền và chịu trách nhiệm về việc ra quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Điều 5. Cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng là hệ thống dữ liệu thông tin về người nộp thuế thuộc đối tượng hoàn thuế giá trị gia tăng, là một cấu phần trong hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý thuế chung của ngành thuế. Việc xây dựng, thu thập, xử lý, sử dụng, chia sẻ, lưu trữ, bảo mật thông tin của cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng được thực hiện theo quy định của pháp luật hiện hành.

2. Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tin trong việc thực hiện quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng, bao gồm: tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế, thông báo kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế, trao đổi thông tin với các cơ quan liên quan trong giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng.

Điều 6. Áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Việc đánh giá rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng được thực hiện theo quy định của khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 của Bộ Tài chính quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế (sau đây gọi là Thông tư số 204/2015/TT-BTC).

2. Quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

a) Phân loại hồ sơ giải quyết hoàn thuế bao gồm: hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau và hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo quy định tại khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13, khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13; Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước hoàn thuế sau đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đối tượng rủi ro cao.

b) Xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13, khoản 4 Điều 41 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP: kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn mười năm, kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.